Собственно столкнулся с этой проблемой ещё в начале этого года 2024, при стандартном переносе данных из ЗУП 2.5 в ЗУП 3.1 — если у сотрудников два и более похожих исполнительных листа с удержанием до предела с одинаковым процентом, то запись в регистр "Удержания до предела по сотрудникам" делается только по одному документу независимо от количества этих самых исполнительных документов.
Хотя уже конец года, и релиз ЗУП 3.1.7.106 , а ситуация при переходе в сентябре повторилась, в общем ловите лекарство, от доброго меня, ну или правьте ручками.