Процесс копирования:
Открываем обработку и заполняем два поля
1. Корневой каталог Битрикс, т.е. куда будет скопированное дерево.
2. Корневой каталог Номенклатуры, оставить пустым, если нужно все дерево.
Нажимаем на кнопку "Перенести" — Готово.
Кнопка "Очистить дерево" — удаляет все вложенные элементы в дереве, выбранном в поле "Корневой каталог Битрикс", при неудачном копировании.
Обработка не является универсальной для всех случаев! Но значительно облегчает жизнь при подобной задаче.
Тестировалось на 1С УНФ 1.6 (1.6.12.4) и модуле 1С-Битрикс 7 версии.