Если у пользователя прав больше чем ему нужно он может удалить документ. Непосредственно. Оставив кучу ссылок на него.
При некорректном удалении документов например обработкой «Универсальные подбор и обработка объектов» от них остаются ссылки в регистрах накоплений, от котрых трудно избавится. Обработка позволяет восстановить удаленный документ по уникальному идентификатору, чтобы затем удалить корректно 🙂