После автоматизации торговли примерно через год пришло время проводить ревизию, оператор создает документ инвентаризации, заполняет его и о УЖАС!!! весь документ заполнился тяп ляп! То есть цены то розничные то закупочные, количество не всегда верное. Выяснилось что расхождения по количеству связанно с не правильной выгрузкой отчетов о розничных продажах, когда на кассе делали возврат в отчете о розничных продажах товар отображался со знаком минус. Так как регистр ТоварыНаСкладах не воспринимает не как товар в отчете о розничных продажах со знаком минус, соответственно в регистре ТоварыНаСкладах полный бардак по остаткам, а вот регистр ТоварыВРознице заполнялся корректно поэтому я и принял решение заполнять документ по этому регистру.
P.S. устанавливаются данные обработки в разделе «Внешние обработки по заполнению табличных частей».