Если в ведомости не заполнился налог к перечислению, то значит есть ошибка в регистре "РасчетыНалогоплательщиковСБюджетомПоНДФЛ". Скорее всего это минус в прошлом периоде. Обычно возникает данный минус из-за не правильной очередности проведения документов. В прошлый период залезать и перепроводить документы не хочется, поэтому воспользуемся обработкой.
Итак, мы сформировали ведомость. По каким то сотрудникам не заполнился НДФЛ к перечислению. Открываем обработку, выбираем ведомость в поле "Регистратор", указываем текущий год, нажимаем "Вывести таблицу". Отрабатывает механизм заполнения налога как в ведомости, анализируются сотрудники, которые не заполнились, по ним находятся минусовые остатки за прошлые месяца по регистру "РасчетыНалогоплательщиковСБюджетомПоНДФЛ" — данные строки выводятся в таблицу.
Галочкой "флаг" отмечаем сотрудников, по которым нужно произвести исправление. Нажимаем "Создать документ операция налогового учета по НДФЛ" — по отмеченным сотрудникам создаются данные документы, так же обработкой удаляются движения у созданных документов по регистру "РасчетыНалоговыхАгентовСБюджетомПоНДФЛ", потому что нам нужны движения только по "РасчетыНалогоплательщиковСБюджетомПоНДФЛ".
После этого в ведомости делаем "Обновить налог" — все получилось.
Тестировалось на ЕРП 2 (2.4.7.147) последней версии, так же подходит для КА 2 (тестировалось на 2.4.7.141).
upd.: Добавлена версия для ЗУП (тестировалось на 3.1.7.106)